La ville d’Agde, via sa direction du milieu marin, est la structure gestionnaire de l’Aire Marine Protégée de la côte agathoise, site Natura 2000 « posidonies du Cap d’Agde » FR9101414.
Un Comité de Pilotage (COPIL) du site, présidé par le préfet maritime de Méditerranée, se réunit tous les ans et décide des axes de gestion du site. Ce site bénéficie d’un Document d’Objectifs (DOCOB), d’une charte Natura 2000 et d’une animation opérationnelle depuis 2008.
